Tidak lengkap rasanya jika sebuah institusi pendidikan tidak memiliki ruang perpustakaan untuk menunjang kegiatan riset akademis untuk itu di dalam IKJ terdapat perpustakaan di ketiga fakultas yang ada dan perpustakaan utama yang berada di bawah pengelolaan rektorat. Seluruh perpustakaan telah dihubungkan dengan sistem data base online yang dapat di akses dari masing-masing perpustakaan untuk mencek silang judul atau topik buku dan artikel tertentu.